Научно-исследовательский институт уголовно-исполнительной системы Министерства юстиции Российской Федерации был создан 30 апреля 1999 г. в целях сохранения научного потенциала ученых-пенитенциаристов, развития наиболее актуальных направлений научно-исследовательской деятельности, обеспечивающих реформирование уголовно-исполнительной системы Российской Федерации.