25 декабря 1978 года, исполняя распоряжение начальника внутренних войск МВД СССР генерал-полковника Ивана Яковлева, начальник Новосибирского высшего военного командного училища МВД СССР генерал-майор Александр Рожкин подписал приказ об учреждении музея во вверенном ему вузе. С тех пор ведёт свое летоисчисление хранилище истории Новосибирского военного института войск национальной гвардии Российской Федерации.
Музей училища-института - это творение рук личного состава - активистов под руководством начальника училища полковника (впоследствии генерал-майора) Рожкина Александра Николаевича, начальника политического отдела полковника Мухаметшина Сагира Мухаметовича и его первого начальника, участника Великой Отечественной войны полковника в отставке Иванова Николая Александровича.
В разные годы работу музея военного института организовывали: подполковник в отставке Вдовкин Виктор Александрович ( 1987 по 1992 гг.), майор в отставке Журавлев Николай Васильевич (1992 по 1994 гг.) - участник ВОВ 1941 - 1945 гг., подполковник в отставке Опар Пётр Алексеевич (1995 по 2011 гг.) - лауреат премии генерала армии И.К. Яковлева, подполковник в отставке Комар Фёдор Владимирович (2011 по 2020 гг.) - лауреат премии генерала армии И.К. Яковлева.
Новый виток развития музей военного института получил с назначением участника боевых действий, ветерана военного института и сил специального назначения полковника в отставке Пилипенко Павла Алексеевича. Проводимые им мероприятия направлены на воспитание патриотизма, развитие гражданственности и нравственности у молодежи. Всему этому подчинены самые разнообразные материалы, которые размещены в 4-х залах музея и повествуют об истории и служебно-боевом пути внутренних войск МВД, Росгвардии на всех этапах их развития, истории училища-института и их людях.
Сейчас в музее института более трех тысяч экспонатов, собранных офицерами института и переданных ветеранами ведомства. Каждый экспонат связан с определенным этапом истории военного вуза. Музей Новосибирского военного института Росгвардии открыт не только для курсантов, но и для школьников, кадетов и всех желающих. За год его посещают порядка 7 тысяч человек.
В декабре 2023 года музей Новосибирского военного ордена Жукова института имени генерала армии И.К. Яковлева войск национальной гвардии Российской Федерации награжден нагрудным серебряным знаком «Защитник земли русской». Таким образом был отмечен вклад офицеров Новосибирского военного института Росгвардии в сохранение исторического наследия, становление нравственных устоев, укрепление славных традиций воинского товарищества и патриотическое воспитание защитников Отечества.